Sintomas dispépticos e alterações do hábito intestinal em situações de estresse são prevalentes na população geral e estudantes de medicina podem representar um grupo de risco, devido à rotina sobre carregada pelas demandas da formação médica. Este estudo objetivou investigar a prevalência de estresse emocional e sua relação com os sintomas dispépticos e alterações do hábito intestinal em estudantes de medicina. Estudo transversal analítico, com dados de uma Instituição de Ensino Superior de Vitória da Conquista-Bahia, em 2023. Foi estimada a prevalência de estresse emocional nos últimos 30 dias antecedentes à pesquisa e observadas variáveis sociodemográficas, de hábito alimentar e comportamentais. Foram utilizados os testes qui-quadrado de Pearson e/ou exato de Fisher (p<0,05). O estudo avaliou 325 estudantes do 1º ao 8º período, com frequência de estresse emocional estimada em 61,2%. Este desfecho esteve associado às mulheres(p<0,001), à alimentação não saudável (p=0,003) e hábitos alimentares inadequados(alimentos gordurosos [p=0,022] e substituição de refeição por lanches [p=0,018]);bem como à suspeita de doença gastrointestinal(p=0,001) e maior frequência de alterações dispépticas e intestinais (azia[p=0,003], diarreia [p=0,005], constipação[p<0,001], epigastralgia[p<0,001], saciedade precoce [p=0,008], distensão abdominal [p=0,001], náusea e/ou vômito [p<0,001], flatulência/gases [p=0,013] e refluxo [p=0,021]). Foi observada elevada frequência de estresse emocional entre estudantes de medicina. O estudo sugere o desenvolvimento de medidas protetivas, tais com o programa de incentivo à alimentação saudável, orientação para cuidados com a saúde mental, bem como a produção de materiais informativos. O estudo colaborou apara o enriquecimento do repertório literário médico para correlação do estresse emocional às alterações dos hábitos intestinais.